La Terminal B ofrece servicios completos tanto de operación de embarque y desembarque completo como de tránsito para los pasajeros de cruceros, y puede operar hasta tres barcos simultáneamente en cualquiera de estas modalidades. La terminal está dividida en dos plantas, que albergan varios servicios como: seguridad, embarque y desembarque de pasajeros, entrega y recogida de equipaje, área de facturación, zonas de espera y de compras, así como otras áreas públicas. Esta instalación cuenta además con una pasarela de embarque moderna que permite un acceso más seguro para los pasajeros, separado de las operaciones del barco (aprovisionamiento, suministro de agua y combustible, carga de equipaje, etc.). Cuando coinciden varias operaciones de crucero al mismo tiempo, Málaga Cruise Port garantiza una señalización y organización óptimas, asegurando un acceso cómodo y sencillo para los pasajeros. La Terminal B también cumple plenamente con el código ISPS.

La Terminal El Palmeral se encuentra en "El Palmeral de las Sorpresas", en el frente marítimo, un entorno emblemático rodeado de jardines en pleno casco histórico, a tan solo 5 minutos a pie de la Catedral. La instalación cumple plenamente con el Código Internacional para la Protección de Buques e Instalaciones Portuarias (ISPS). Está dividida en dos niveles y diseñada para operar cruceros pequeños y medianos de hasta 220 metros de eslora. La terminal también dispone de una pasarela de embarque especialmente diseñada para adaptarse a un amplio rango de alturas, permitiendo la conexión con el barco desde el mismo nivel del muelle hasta 14 metros sobre la línea de flotación.